Show simple item record

برازش شبکه تنظیم ژنی ژن‌های مؤثر در پاتوفیزیولوژی کبد چرب موش به‌وسیله کاوش پروموتری

contributor authorZ. EestanestiEn
contributor authorH. SarirEn
contributor authorH. FarhangfarEn
contributor authorE. BehdaniEn
date accessioned2019-06-26T14:59:43Z
date available2019-06-26T14:59:43Z
date issued2019
identifier otherA-10-2551-1
identifier urihttp://journal.bums.ac.ir/article-1-2610-fa.html
identifier urihttp://sid.bums.ac.ir/dspace/handle/bums/4678
description abstractBackground and Aim: Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD) is the major cause of chronic liver disease in developed countries. In this study, we identified the most important transcription factors and biological mechanisms affecting the incidence of fatty liver disease using the promoter region data mining. Materials and Methods In this study, at first, the marker genes associated with this disease were detected and the pattern of transcription factors was examined by the Genomatix software. In the whole of genome, genes with a similar binding pattern for transcription factors in the promoter region were identified as potentially effective genes on the fatty liver. By using the Cytoscape software (3.6.0), the network of transcription factors and target genes was mapped. Finally, the most important biological pathways associated with genes derived from fatty liver were studied using the DAVID database. Results: The protein network fitting showed Creb1, Jun and Max transcription factors and  Sfpi1, Ddit3 and Gsk3b genes play an important role in the development of this disease. Gene ontology analysis revealed that biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals contributed to the occurrence of fatty liver disease. Conclusion: Increasing the expression of transcription factors and genes produced can be one of the most factors affecting the onset of the disease, also, biological pathways including apoptosis, intracellular signals, and biosynthesis of aromatic compounds and signaling pathways of circadian rhythm, non-alcoholic fatty liver, and chemokine signals are important in fatty liver phenomenon.En
description abstractزمینه و هدف: بیماری کبد چرب غیرالکلی (NAFLD)، علت اصلی بیماری مزمن کبدی در کشورهای توسعه‌یافته است. در این مطالعه، به شناسایی مهم‌ترین فاکتورهای رونویسی و سازوکارهای بیولوژیکی مؤثر بر بروز بیماری کبد چرب با استفاده از داده‌کاوی ناحیه پروموتری، پرداخته شد. روش تحقیق: در این مطالعه، ابتدا ژن‌های نشانگر مرتبط با این بیماری یافت شدند و الگوی اتصال فاکتورهای رونویسی با نرم‌افزار Genomatix بررسی گردید. در کل ژنوم، ژن‌هایی که الگوی اتصال مشابهی برای فاکتورهای رونویسی به ناحیه پروموتری داشتند، به‌عنوان ژن‌های احتمالی مؤثر بر کبد چرب شناسایی شدند. با استفاده از نرم‌افزار Cytoscape (3.6.0)، شبکه برهمکنش فاکتورهای رونویسی و ژن‌های هدف ترسیم گردید. در نهایت مهم‌ترین مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با ژن‌های به‌دست آمده از کبد چرب، با استفاده از پایگاه اطلاعاتی DAVID بررسی شد. يافته‌ها: برازش شبکه برهمکنش پروتئینی نشان داد که فاکتورهای رونویسی Creb1، Jun و Max و ژن‌های Gsk3b، Ddit3 وSfpi1 در بروز این بیماری مهم‌ترین نقش را دارا هستند. آنالیز ژن آنتولوژی حاصل از مطالعه نیز نشان داد، مسیرهای بیولوژیکی شامل: آپاپتوز، سیگنال‌های درون‌سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال‌دهی ریتم‌های شبانه روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال‌های کموکاین، در بروز عارضه کبد چرب دخیل هستند. نتيجه‌گيري: افزایش بیان فاکتورهای رونویسی و ژن‌های به‌دست آمده می‌تواند یکی از عومل مؤثر بر بروز این بیماری باشد؛ همچنین مسیرهای بیولوژیکی آپاپتوز، سیگنال‌های درون‌سلولی و بیوسنتز ترکیبات آروماتیک و مسیرهای سیگنال‌دهی ریتم‌های شبانه‌روزی، کبد چرب غیر الکلی و سیگنال‌های کموکاین در عارضه کبد چرب مهم به‌شمار می‌آیند.Fa
subjectGastrointestinal PhysiologyEn
subjectفیزیولوژی- گوارشFa
titleGene regulation network fitting of genes involved in the pathophysiology of fatty liver in the Mice by promoter miningEn
titleبرازش شبکه تنظیم ژنی ژن‌های مؤثر در پاتوفیزیولوژی کبد چرب موش به‌وسیله کاوش پروموتریFa
typeJournal Paper
journal titleJournal of Birjand University of Medical Sciences
journal issue2
journal volume26
contenttypeFulltext
linkhttp://journal.bums.ac.ir/article-1-2610-fa.pdf
article typeOriginal ArticleEn
article typeمقاله اصیل پژوهشیFa
journal number79
subject keywordsPromoter Analysis
subject keywordsTranscription Factor
subject keywordsFatty Liver
subject keywordsMice
subject keywordsآنالیز پروموترfa
subject keywordsفاکتورهای رونویسیfa
subject keywordsکبد چربfa
subject keywordsموشfa
author mailestanesti.zahra@gmail.comFa
author affiliationBirjand University of Medical Sciences. Birjand, IranEn
author affiliationدانشگاه علوم پزشکی بیرجندFa
author fnameزهراFa
author lnameاستانستیFa
author correspondingZ. Eestanesti
treeJournal of Birjand University of Medical Sciences:;2019:;Volume ( 26 ):;issue: 02
author Farsiزهرا استانستی
author Farsiهادی سریر
author Farsiهمایون فرهنگ فر
author Farsiالهام بهدانی


Files in this item

FilesSizeFormatView

There are no files associated with this item.

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record